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单细胞数据库汇总

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scRNASeqDB 是第一个东谈主类单细胞转录组数据库。包含了现在着实总计可用的东谈主类单细胞转录组数据集（n=38），隐蔽200个东谈主类细胞系或细胞类型和13440个样本。用户可阐明基因或细胞类型搜索基因抒发的信息，同期scRNASeqDB还提供可查询和可视化器用，包括基因、细胞类型或群体间相反抒发基因的疑望信息，另外用户还不错通过Dataset View功能浏览数据库的数据信息。

网址：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/

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CancerSEA 提供了一个破译癌症单细胞功能现象的数据库，并在单细胞水平上将这些功能现象与卵白编码基因(PCGs)和lncRNA猜想起来，以促进对癌细胞功能相反的机制性蚁集。包含25种癌症的41900个肿瘤细胞，14种癌症猜想功能现象，允许用户查询基因(包括PCGs和lncrna)与14种功能现象之间的关系。

网站：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

结直肠癌是我国高发的恶性肿瘤之一，80%直肠癌患者在初诊时已经处于进展期，无法直接进行手术。目前新辅助放化疗联合手术是局部进展期直肠癌的标准治疗方式，然而新辅助放化疗后行手术治疗的间隔期仍存在争议。

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Cell Blast 为有用期骗现存数据进行细胞疑望和跨数据集探究提供了新的器用和资源，是一个自带高质地参考数据库的scRNA-seq数据检索/疑望器用，能作念细胞类型毅然、发现新细胞类型、疑望一语气细胞现象。

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网址：https://cblast.gao-lab.org/

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CellMarkrer 该数据库通过手动收罗跳动100,000篇发表的论文，涵盖细胞美艳物信息，组织类型，细胞类型，癌症信息和开首等4,124个条件。

共包含158种东谈主类组织/亚组织（涵盖467种细胞类型，13605个细胞美艳物）及81种小鼠组织/亚组织（涵盖389种细胞类型，9148个细胞美艳物），旨在为东谈主类和小鼠组织中的多样细胞类型提供全面而准确的细胞美艳物质源。

网址：

 http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

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ColorCells 是一个用于比拟分析单细胞RNA-Seq数据中lncRNAs抒发、分类和功能的数据库。从6个物种的167913个公开的scRNA-Seq数据集进行分析，发现了一批细胞特异性lncRNAs。探究单细胞lncRNA的话不错和蔼！

网址：https://rna.sysu.edu.cn/colorcells/

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CancerSEA 提供了一个破译癌症单细胞功能现象的数据库，并在单细胞水平上将这些功能现象与卵白编码基因(PCGs)和lncRNA猜想起来，以促进对癌细胞功能相反的机制性蚁集。包含25种癌症的41900个肿瘤细胞，14种癌症猜想功能现象，允许用户查询基因(包括PCGs和lncrna)与14种功能现象之间的关系。

网站：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

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CeDR Atlas（细胞药物支吾数据库）基于文件中东谈主类、小鼠和不同细胞系的特异性药物响应信息，详尽分析了细胞类型特异性药物响应分析，涵盖疾病现象下的细胞类型和平时细胞类型，为细胞药物响应谱提供告成参考。收录跳动582个东谈主类、小鼠和细胞系的单细胞数据戒指，包括约140个表型和1250个组织/细胞类型的约188,157个东谈主类猜想、42660个小鼠猜想和10299个细胞系猜想的细胞药物响应信息。

网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/cedr

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HCA 东谈主类细胞图谱（Human Cell Atlas）策划，是现在限制比拟大、隐蔽比拟全面的单细胞数据库，接力于于确立一个健康东谈主体所包含的总计细胞的参考图谱。主要聚焦于东谈主平时组织，获得东谈主体各个组织器官的单细胞层面数据均可使用这个网站进行下载。不错搜索project的注目信息、并下载Metadata和Matrices数据自行分析。

网址：https://data.humancellatlas.org/

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HCL(Human Cell Landscape) 是2020年3月25日，由浙江大学基础医学院与浙江大学附属病院联接完成的东谈主类细胞图谱猜想探究效果于《Nature》在线发表。

数据库包含开首于702,968个单细胞转录组数据毅然的东谈主体102种细胞大类和843种细胞亚类的可视化数据资源，同期scHCL单细胞比对系统可用于东谈主体细胞类型的毅然。

网址：https://db.cngb.org/HCL/

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CDCP（Cell-omics Data Coordinate Platform）是国度基因库人命大数据平台（CNGBdb）上线的一个数据库，尽头适应0代码基础小白初学单细胞数据分析。

集成了CNGBdb平台的单细胞数据资源（包括7015个样本和1775570个细胞），为用户提供单细胞数据分析、可视化、下载和递交功能。

网址：https://db.cngb.org/cdcp/

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SCP(Single Cell Portal) 以查询实验想象和基因在不同cell type中的抒发情况。现在收录419个探究、跳动1934万细胞的单细胞数据库，况且握续更新，数据珍重的很好，还不错进行浅近的在线分析。

网址：

 https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell

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SCPortalen 涵盖了东谈主类和小鼠单细胞转录组学全面的元数据和转录组数据以及细胞图像信息。通过SCPortalen的web界面，皇冠app用户不错驱散地搜索、浏览和下载感兴味的单细胞数据集。

网址：

 http://single-cell.riken.jp/SCPortalen_Database/Home/

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signatureDB 细胞数据库，效果在2018年发表在新英格兰杂志上，数据以表格的面目进行展示，仅供自行下载探究。

网址：https://lymphochip.nih.gov/signaturedb/

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SpatialDB 是第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台，为探究组织的空间细胞结构提供了一个资源库，并可能为蚁集疾病中的细胞微环境带来新的意见。

收录来自5个物种（东谈主类、小鼠、果蝇、娇娆隐杆线虫和斑马鱼）的24个空间转录组数据集，由8种空间转录组时间（ST、Slide-seq、LCM-seq、seqFISH、MERFISH、Liver single cell zonation、Geo-seq和Tomo-seq）产生的数据，确立了空间转录组数据分析惩处历程，终领略空间转录组数据的在线可视化，同期提供了空间相反抒发基因过火功能富集分析的疑望。

网址：https://www.spatialomics.org/SpatialDB/

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KIT（Kidney Interactive Transcriptomics） 是对一些肾脏单细胞著作进行了整理，收录了多样肾脏组织的单细胞数据，构建肾脏单细胞数据集的在线分析数据库。

网址：http://humphreyslab.com/SingleCell/

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BloodSpot  包括了平时东谈主及AML患者、平时鼠的多样血细胞类型的基因抒发。天然只收录了轮回系统的单细胞数据，关联词功能巨大，可使用这个数据库进行多种在线分析，况且不错将分析戒指以多样图片的面目导出。

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网址：http://servers.binf.ku.dk/bloodspot/

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SC2disease 旨在提供病病例与健康对照之间、病例中不同细胞类型之间以及不同病理进度病例之间基因抒发的相反。用户可探索不同细胞类型、组织和疾病中细胞类型特异性基因的详尽股源。

网址：http://easybioai.com/sc2disease/

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PanglaoDB 是2019年齿首发布的一个单细胞转录组数据库包含了跳动1000个单细胞实验的预惩处和瞻望算分析，涵盖了大宽绰主要的单细胞平台和分析历程，接力于于探索东谈主类和小鼠的单细胞转录组数据。可用于细胞分群疑望的marker数据库。适应零基础的东谈主使用、探索和挖掘，不管你是作念东谈主类探究还是小鼠探究，皆能用的到。

网址：https://panglaodb.se/index.html

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SCEA(Single Cell Expression Atlas) 是单细胞数据库，收录了多样疾病类型的单细胞数据，包括18个物种、229个study、597万个细胞。不错按gene和experiment检索实验想象、分析参数、下载marker基因和抒发数据矩阵等。

网址：https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home

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Tabula Muris 来自小鼠通盘人命周期内20个器官的529823个单细胞的RNA测序数据，使用两种按序分辩出100,000多种细胞类型进行功能疑望。

网址：https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/

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GRNdb（Gene Regulatory Network, GRN）是一个免费拜谒和用户友好的数据，旨在便捷搜索和分析转录因子(TFs)和下贱靶基因(称为调控子)在多样组织/条件下造成的调控集聚。基于已知的TF-target关系和从全球数据库收罗的大限制单细胞转录组数据，以及TCGA和GTEx数据。适用于多样东谈主类和小鼠条件。

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网址：http://www.grndb.com/

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Jingle Bells 免疫一直是科研中经年累稔的话题，不管是在肿瘤边界还是在非肿瘤边界皆有着一隅之地，Jingle Bells即是一个相当存放免疫猜想的单细胞数据库。

网址：https://jinglebells.bgu.ac.il/

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VascularSingleCell 血管单细胞数据库，收录了东谈主和小鼠的脑血管、肺血管的单细胞数据。

网址：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html

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非小细胞肺癌数据库

该项探究完成了来自14例非小细胞癌初治患者外周血、癌组织和癌旁组织的12,346个T细胞的单细胞测序责任，描摹了非小细胞肺癌的16个T细胞功能亚群、各亚群的组织漫衍特征及亚群间的现象转机关系等免疫特征。

非小细胞肺癌T淋巴细胞图谱：单细胞数据获得历程、T细胞亚群分类、亚群间的现象转机关系和革新性T细胞的异质性等免疫特征。

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网址：http://lung.cancer-pku.cn/index.php

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Tabula Muris 来自小鼠通盘人命周期内20个器官的529823个单细胞的RNA测序数据，使用两种按序分辩出100,000多种细胞类型进行功能疑望：①基于荧光激活细胞分选：隐蔽度高，可富集特定类型细胞，用于探究低抒发基因，可变剪接和序列变异分析等；②基于3’终端的微流体液滴计数法：检测的细胞数目多，上风在于简略发现珍稀的细胞和细胞现象。

网址： 

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LnCeCell/

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单细胞测序汇总就到这里了，基本比拟全，但愿不错匡助众人探究前期进行数据探索、更准确地进行细胞疑望和分析。

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